对本案的处理有争议，有的认为，二者构成共同犯罪，但应对王某以贪污罪定罪，对黄某以职务侵占罪定罪，分别处罚。有的认为二人共同犯贪污罪和职务侵占罪，分别实行并罚。有的认为应构成贪污罪的共犯。
根据《刑法》第382条的规定，贪污罪是国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的行为。同时规定，受国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体委托管理、经营国有财产的人员，利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有国有财物的，以贪污论。认定贪污罪，需注意把握以下特征：(1)本罪的犯罪对象是公共财产，根据《刑法》第91条的规定，公共财物分为两类，即国有财产、劳动群众集体所有的财产；用于扶贫和其他公益事业的社会捐助或者专项基金的财产。其中，国有财产，是指国家机关、国有公司、企业、事业单位和人民团体所拥有的财产；劳动群众集体所有的财产，是指集体经营组织所拥有的所有权属于该组织全体成员共同所有的财产；扶贫和其他公益事业的社会捐助或者专项基金的财产，是指通过捐助或专项基金手段募集的用于扶贫或其他公益事业的慈善性质的款物，以及国有公司、企业、集体企业和人民团体管理、使用或运输中的私人财产。根据《刑法》第271条第2款的规定，非国有单位的财物也可以构成本罪的对象。(2)本罪在客观上表现为利用职务之便，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的行为。这是贪污罪区别于盗窃、诈骗、抢夺等侵犯财产罪的重要特征。所谓利用职务上的便利，是指行为人利用其职责范围内主管、经手、管理公共财产的职权所形成的便利条件，假借执行职务的形式非法占有公共财物。如果是因工作关系或主体身份所带来的某些方便条件，如因工作关系而熟悉作案环境，凭借工作人员身份进出某些机关、单位的方便等，不构成贪污罪。贪污手段多种多样，但归纳起来不外乎是采取侵吞、窃取、骗取或者其他手段非法占有公共财物。侵吞是指行为人将自己管理或经手的公共财物非法转归自己或他人所有的行为。一般包括将自己管理或经手的公共财物加以隐匿、扣留，应上交的不上交，应支付的不支付，应入账的不入账；将自己管理、使用或经手的公共财物非法转卖或擅自赠送他人；将追缴的赃款赃物或罚没款物私自用掉或非法据为私有。窃取是采取秘密窃取的方式，将自己管理的公共财物非法占有的行为，也就是通常所说的监守自盗。如果出纳员仅是利用对本单位情况熟悉的条件，盗窃由其他出纳员经管的财物，则构成盗窃罪。骗取是采取虚构事实或隐瞒真相的方法，非法占有公共财物的行为。例如出差人员用涂改或伪造单据的方法虚报或谎报支出冒领公款，工程负责人多报工时或伪造工资表冒领工资，收购人员谎报收购物资等级从中骗取公款等。(3)本罪只有国家工作人员才能构成。根据《刑法》第93条的规定，所谓国家工作人员，是指国家机关中从事公务的人员。国有公司、企业、事业单位、人民团体中从事公务的人员和国家机关、国有公司、企业、事业单位委派到非国有公司企业、事业单位、社会团体从事公务的人员，以及其他依照法律从事公务的人员，以国家工作人员论。此外，受国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体委托管理、经营国有财产的人员，也可以成为本罪的主体。
在实践中，常有国家工作人员与非国家工作人员相互勾结贪污的情况。根据刑法的规定，一般公民与国家工作人员勾结，伙同贪污的，以贪污罪的共犯论处。但是，在非国有公司、企业中，对于其本身的职工利用职务之便非法占有公共财物的行为，《刑法》第271条专门规定了职务侵占罪。这就造成了一个问题，即在非国有公司、企业中，受国有单位委派到该公司中工作的人员，与该公司本身的工作人员相勾结，分别利用各自的职务便利，共同将本单位财物非法占为己有，按照刑法的规定，前者构成贪污罪，后者构成职务侵占罪，但二者又是共同犯罪，对此如何处理?本案王某和黄某就属于这种情况。对这种情况，一般以主要利用了谁的职务之便来定性。如果主要利用了公司本身工作人员的职务便利，应定职务侵占罪；如果主要利用了国家工作人员的职务便利，应定贪污罪。但是，如果分别利用各自的职务便利，则以更为特殊的身份者所构成之罪定性，即定贪污罪。本案中，是王某利用职务上的便利，通过银行转账的手段，非法占有公司财物5万元，其行为与被占有的财物具有直接联系，所以应定贪污罪。黄某虽然身为非国家工作人员，但主观具有非法占有的故意，客观实施了共同贪污行为，构成贪污罪的共犯。